La sezione “Raccolte e fondi” si propone di rendere progressivamente disponibile il risulatato del lavoro di digitalizzazione di materiali appartenenti ai fondi speciali della Biblioteca, arricchendolo con descrizioni sintetiche e con le indicazioni relative agli strumenti di ricerca. Il patrimonio della Biblioteca comprende una ricca collezione di manoscritti con tre codici miniati, il famoso Codice 117 Bonadies noto come Codex Faenza, innumerevoli libri antichi con 118 incunaboli e oltre 4.000 cinquecentine, disegni, stampe, autografi, fotografie, partiture musicali,  libretti d'opera e documentazione archivistica.


 Manoscritti
Nella sezione manoscritti della Biblioteca Comunale Manfrediana attualmente si contano oltre 520 manoscritti antichi, tra i quali alcuni codici miniati, e solo 409 sono descritti negli "inventari dei manoscritti delle biblioteche d'Italia" di Giuseppe Mazzatinti, mentre un ulteriore centinaio di unità attende ancora la prima inventariazione, in aggiunta a questa sezione vi è un nucleo di manoscritti musicali di grande valore storico artistico.

 Blasonari:
I Blasonari faentini sono tre, conosciuti come Tassinari, Baccarini e Calzi.


 Fondi:

Oltre alle “librarie” conventuali costitutive, seppur danneggiate dagli eventi bellici del novembre del 1944, fra i fondi e le collezioni che hanno arricchito il patrimonio bibliografico, storico e artistico nel corso di due secoli di vita dell’Istituto si segnalano il fondo del botanico Ludovico Caldesi, dell'agiografo Francesco Lanzoni, la raccolta di scatole liberty di fiammiferi di Giuseppe Donati, i volumi dei collezionisti Primo Scardovi, Giacomo Pozzi, Gioacchino Regoli ed Emilio Biondi. Non si possono non menzionare il fondo del musicista Lamberto Caffarelli, la biblioteca e l'archivio della famiglia Zauli Naldi, i libri degli studiosi Vincenzo Poletti, Carlo Mazzotti e Giuseppe Bertoni, le raccolte d'arte di Clara e Antonio Corbara e di Roberto e Rodolfo Sabbatani, i disegni degli architetti Giuseppe Pistocchi e Ennio Golfieri e degli artisti Romolo Liverani e Domenico Rambelli, oltre alle partiture musicali autografe di Giuseppe Sarti.

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